Nije egzaktno nikakvim pravilom određeno da bonsai mora imati neke određene dimenzije.

S obzirom da drveće koje bonsai predstavlja u prirodnim razmerama može imati i više desetina metara, i 2 metra je minijaturno drvo.

Većina današnjih bonsai remek-dela su veličine 70-100cm.

Naravno da ima i većih. Otvoreno je pitanje do koje visine se zaista neka biljka može smatrati bonsaijem.

Postoje različite klasifikacije bonsaija prema veličini.

Jedna klasifikacija uzima u obzir koliko je ljudi potrebno da ponesu bonsai:

1. koji staje na dlan
2. koji može da se nosi jednom rukom
3. koji se nosi sa dve ruke
4. kojeg nose dva čoveka
5. kojeg nose četiri čoveka

U literaturi i na internetu se najčešće može naći sledeća klasifikacija:

1. Minijaturni bonsai - Mame

• Shito - 2.5-7.5 cm.
• Keshi - tsubu, do 2.5cm

Myabi - 15cm-25cm

Gafu - 13cm-20cm

Komono - do 18cm

Chu/Chuhin - 40-60 cm 

Katade-mochi - do 40cm

• Bonju - do 100cm
  
• Omono - do 120cm